近年来，随着国家招考制度改革，高职生源结构发生很大变化，三年制普招、自主招生、五年制、3+2中高职衔接教育、2+3五年一贯制等生源文化基础、学习能力、个人习惯、学习态度和学生综合素质等方面发生了很大变化，针对这一现实情况，学院以实施分类教学为抓手，不断深化教学改革。在坚持以人为本、因材施教、严格遵循教育教学规律的前提下，经过充分调研，制定了《杨凌职业技术学院实施分类教学改革意见》，包含实施分类教学的意义、指导思想与指导原则、分类人才培养方案和课程标准的制定、分类教学组织模式和教学方式改革的要求、多元化考评体系改革以及教学团队建设意见和教学管理等内容，全面指导分类教学的实施。目前分类教学已在2013级水利工程、建筑工程技术、会计与审计等28个专业中进行试点运行情况。
学院积极探索中高职衔接教育机制，创新中高职衔接教育“3+2”中高职衔接人才培养模式，“2+3”五年一贯制。单独编制了园艺技术、计算机应用技术等7个专业人才培养方案和课程标准；联合西北工业学校、榆林市农业学校等5所中职学校和杨凌现代农业职教集团11个成员单位共同制定了11个专业教学基本要求和人才培养方案，共同编制了60门专业核心课课程标准。
